目前有多種蛋白標記技術來幫助我們研究感興趣的蛋白質的豐度、位置、相互作用、翻譯后修飾、功能，乃至監測活細胞中的蛋白質運輸等問題。目前有多種類型的標記物和標記方式可供選擇，但是針對特定的應用應當選擇適合的標記策略。

　　代謝標記策略

　　代謝標記策略是一種體內標記方法，在這種方法中，細胞被“喂養”了化學標記的營養物，然后這些標記物被摻入新合成的蛋白質、核酸或代謝物中。然后，我們可以收集細胞并分離這些分子以獲得細胞生物過程的全局視圖。

　　蛋白同位素標記

　　原理：蛋白同位素標記是一種經典的蛋白示蹤和蛋白組學定量技術，用天然同位素（輕型）或穩定同位素（重型）標記的必需氨基酸取代細胞培養基中相應氨基酸，這樣細胞新合成的蛋白質可以在細胞生長期間通過摻入含有不同同位素的氨基酸進行標記。

　　應用舉例：蛋白質組學研究方向流行的代謝標記方法是SILAC（Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture），即細胞培養中氨基酸的穩定同位素標記。結合質譜技術，SILAC通過使用重型氨基酸（例如，15N-或13C-賴氨酸）標記其中一組培養物或細胞系，而向另一組添加正常的輕型氨基酸，從而量化兩種培養物或細胞系之間蛋白質豐度的差異。然后將在這兩種條件下生長的細胞的裂解蛋白按細胞數或蛋白量等比例混合，經分離、純化后進行質譜鑒定，根據一級質譜圖中兩個同位素型肽段的面積比較進行相對定量，得到兩種條件下蛋白質豐度差異的相對評估。

　　其他蛋白質代謝標記物

　　原理：如果不具備質譜實驗條件，那么可以使用基于生物正交反應的代謝標記方法。在生物正交系統中，細胞被“喂食”標記有一些對天然生物反應基團無反應的化學基團的分子結構單元。添加含有該基團的反應配偶體的外源性化合物引發化學反應，將標記的生物分子偶聯至所需的官能團。

　　應用舉例：用含有疊氮基團的結構單元“喂養”細胞，然后在實驗后用含有磷化H基團的試劑進行處理，疊氮化物和-PH2基團通過Staudinger連接反應偶聯，疊氮化物和膦基團通常不存在于生物系統中，因此這些分子是惰性的。